[科技前沿]Bio-Rad和Illumina聯(lián)合開發(fā)新型的單細胞測序系統(tǒng)
近日，Bio-Rad公司和Illumina公司達成合作協(xié)議共同開發(fā)針對單細胞的新一代測序工作站，單細胞分析領(lǐng)域在過去幾年里發(fā)生著翻天覆地地變化，而兩家公司的這項合作也將會對很多競爭性技術(shù)的企業(yè)帶來一定影響。
Illumina公司 CEO Jay Flatley在本周舉辦的摩根大通(JP Morgan)醫(yī)療會議上表示，這項合作被預(yù)期將會為單細胞分析帶來一種具有成本效益、端到端、高通量且具有一定規(guī)模性的平臺，公司這項合作計劃預(yù)期將在2016年早些時候完成。我們認為結(jié)合兩家公司的技術(shù)和知識產(chǎn)權(quán)將會為整個市場提供基本的產(chǎn)品需求。
一旦這種新型工作站系統(tǒng)啟動，其就會在短短幾個小時時間內(nèi)，以每個細胞1美元的價格來對10000個細胞進行分析。目前，公司并沒有披露大概的總運行時間?；谶@項合作協(xié)議，Bio-Rad公司也將開發(fā)出QX200儀器的修正版本及可產(chǎn)生微滴的試劑盒，這種微滴中將包括單細胞和條形碼珠子。
Bio-Rad公司高級副總裁Annette Tumolo在郵件中告訴GenomeWeb，公司目前正在開發(fā)新型儀器，這種新型儀器將利用公司的核心微滴分區(qū)技術(shù)來包裹細胞;在細胞裂解及細胞RNA同微滴中的珠子進行雜交后，乳濁液就會破碎，而且在一系列的樣品準備步驟后，混合液就會進入到一種由Illumina公司開發(fā)的無菌文庫準備過程中。測序過程完成后，數(shù)據(jù)就會流入到Illumina公司的BaseSpace平臺中，BaseSpace是一種基于云服務(wù)的平臺，其可以提供第三方及內(nèi)部開發(fā)的生物信息學(xué)應(yīng)用程序，以便被分析及報告。
Flatley表示，這種工作站將會為整個市場提供最具有整合性的端到端的單細胞解決方案，同時在未來也會被進行有效的擴張來包括很多新型的應(yīng)用;這項商業(yè)性的合作計劃將會利用合作雙方公司各自的渠道，即利用Bio-Rad公司銷售修飾化液滴的生成工具，同時利用Illumina公司銷售所有耗材，包括單一試劑盒中的液滴盒子(droplet cartridge)。
兩家公司目前在這項計劃中已經(jīng)取得了初步的進展，很多概念驗證實驗?zāi)壳岸家呀?jīng)進行了，而且樣本中的細胞純度都超過了90%，即包含了450個單一的細胞，利用大部分的RNA-seq方法都證明這些細胞具有良好的一致性。Illumina公司目前主要集中于圍繞數(shù)字流體來改善開發(fā)工具的標準化;Flatley說道，目前公司的目的就是為第三方開發(fā)者提供新技術(shù)，從而幫助其利用數(shù)字流體技術(shù)來開發(fā)新的應(yīng)用。
目前在單細胞中進行的大量工作都很有必要利用小細胞數(shù)量來進行，而科學(xué)家們所開發(fā)的新型工作站也將會抑制這些細胞集群擴展成為大的細胞集群;早在2014年，Bio-Rad公司就已經(jīng)收購了基于液滴測序的公司GnuBio，旨在進行臨床新一代測序系統(tǒng)的商業(yè)化用途。但此次同Illumina公司進行合作與前者并無關(guān)聯(lián)。
目前在單細胞測序領(lǐng)域有很多公司，值得注意的是富魯達(Fluidigm)公司是第一個開發(fā)并且進行產(chǎn)品推廣的供應(yīng)商;該公司發(fā)言人Howard High表示，我們在很多公司的公告中都發(fā)現(xiàn)他們都計劃進入這個市場;該公司預(yù)計未來還有很多公司將會進入到這個飛速增長的市場中，從而擴大許多可用的解決方案。
目前富魯達公司的C1系統(tǒng)可以幫助科學(xué)家快速分離、處理并且對單一細胞的基因組進行分析，該系統(tǒng)可以同時分析多達800個細胞，還可以進行單細胞的mRNA測序，靶向DNA測序，進行全外顯子組測序及基因組測序，同時還可以進行靶向基因表達及miRNA的表達特性研究。
與此同時富魯達公司還在瑞典和澳大利亞形成了全球的伙伴聯(lián)盟來開啟單細胞基因組中心;BD公司最近也發(fā)起了對但細胞基因組的細胞分類及分析研究，Qiagen公司同Cell Microsystems公司也達成了合作協(xié)議來開發(fā)分離且分析單細胞的商業(yè)化技術(shù)，同時WaferGen公司也早在去年10月份發(fā)起了一種名為ICell8的用于單細胞基因組學(xué)研究的單細胞系統(tǒng)。
Cellular Research公司的Resolve系統(tǒng)預(yù)期會在2016年推出，該系統(tǒng)將和Illumina及Bio-Rad公司聯(lián)合推出的工作站非常相似，用于對每細胞一美元的多達10000個細胞進行分析。
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