【行業(yè)新聞】中國海洋大學(xué)液相分型芯片研發(fā)方面取得重要進(jìn)展
2018年12月4日，中國海洋大學(xué)海洋生物遺傳學(xué)與育種教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室包振民院士團(tuán)隊在國際基因組學(xué)領(lǐng)域權(quán)威期刊Genome Research上發(fā)表了“HD-Marker: a highly multiplexed and flexible approach for targeted genotyping of more than 10,000 genes in a single-tube assay”（HD-Marker：高效靈活、可實(shí)現(xiàn)單管內(nèi)靶向分型上萬基因的“液相芯片”技術(shù)）”的最新研究成果。包振民教授團(tuán)隊長期致力于發(fā)展適用于非模式生物的高通量、低成本的基因組學(xué)新方法和新技術(shù)。這是該團(tuán)隊繼2012年在Nature Methods、2016年在Nature Protocols后，再次在國際高通量基因組分析技術(shù)領(lǐng)域發(fā)表高水平論文，研究成果體現(xiàn)了學(xué)校在相關(guān)研究領(lǐng)域的重要國際地位及影響力。
全基因組基因分型技術(shù)是解析全基因組范圍內(nèi)基因遺傳變異與性狀關(guān)系的核心技術(shù)手段。在模式生物中廣泛應(yīng)用的固相芯片技術(shù)可實(shí)現(xiàn)對特定基因位點(diǎn)變異進(jìn)行高通量靶向篩查，但對非模式生物而言，定制芯片造價昂貴；此外，固相芯片無位點(diǎn)選擇靈活性，難于滿足個性化需求，因而極大地限制了固相芯片技術(shù)在非模式生物上的大規(guī)模推廣和應(yīng)用。針對上述技術(shù)難題，課題組開發(fā)了可取代昂貴固相芯片平臺的液相分子雜交技術(shù)HD-Marker（即“液相芯片”技術(shù)），通過在單個PCR管內(nèi)的高集成度探針雜交-延伸-連接反應(yīng)，實(shí)現(xiàn)對多達(dá)上萬個已知基因變異位點(diǎn)進(jìn)行高通量篩查和分析。該技術(shù)不僅可高效檢測SNP、Indel等標(biāo)記，而且解決了長期以來SSR標(biāo)記依賴凝膠電泳分型，難以高通量分析的局限，實(shí)現(xiàn)了多種標(biāo)記類型的高通量分析。相比固相芯片平臺，HD-Marker具有更高的靈活性，可根據(jù)實(shí)際研究需求增減位點(diǎn)。該技術(shù)將液相雜交反應(yīng)的位點(diǎn)選擇靈活性和高通量測序平臺通量高、成本低的優(yōu)勢有效地結(jié)合，突破了目前固相定制芯片平臺費(fèi)用高昂、靈活性差、難于大規(guī)模應(yīng)用等技術(shù)瓶頸，為非模式生物提供了一種兼容不同通量級別、不同標(biāo)記類型的高效靈活的靶向基因分型技術(shù)，在大規(guī)模SNP篩查、全基因組關(guān)聯(lián)分析、群體多樣性評價、全基因組選擇育種等研究領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景。
海洋生物遺傳學(xué)與育種教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室包振民院士團(tuán)隊的王師教授為本文的通訊作者。研究工作獲得國家自然科學(xué)基金、國家重點(diǎn)研發(fā)計劃、海洋國家實(shí)驗(yàn)室“藍(lán)色生命”重大成果支持計劃和“鰲山人才”計劃等項(xiàng)目資助。
來源：儀器協(xié)會
